一、防雜：棉種在收獲、輾軋、存放的時候，都要因品種分開單獨進行，避免人為混雜和機械混雜，以確保種子的純度和質量。倉庫大量貯藏時，采取袋裝，并在種子入庫時掛牌標明品種的名稱、等級、產地、入庫年月。在翻曬、倒倉、加工精選、調運以及出庫銷售時，要認真檢查核對標簽，以防混雜。一個庫房內存放多個品種的，散落在地面上的種子不得再做種。
　　二、防潮：種子受潮，呼吸作用旺盛，養分消耗多，往往會使棉種發芽率降低，甚至喪失。因此，不論是倉庫大量貯藏，還是農戶少量存放，都要注意防潮。家庭存放不要放在濕度大的地方，倉庫大量存放時，庫房地面放置墊木，再把種袋垛在墊木上。
　　三、防熱：棉花是多次收獲的作物，不同收獲期的棉籽，其成熟度、含水量都有很大差異，如果大量堆放，常常造成種子呼吸作用加強，如果通風不好，很容易引起種堆發熱。因此，棉種入庫前必須充分曬干，使含水量降至12％以下，同時，種袋不要垛得過高，裝至倉容的一半左右即可，zui多不要超過倉容的70％，貯藏期間要定期檢查，當發現種子微熱時，就要及時將種袋攤開散熱降溫。
　　四、防鼠：冬季，天寒地凍，棉種倉庫是老鼠躲藏和食宿的理想場所，必須采取有效措施防止老鼠咬壞種子。可在倉庫各處放置藥物，毒殺老鼠；也可在倉門口設置防鼠板，阻止老鼠進入庫房。